Jarociński Klub Sportowy JAROTA powstał w kwietniu 1998 roku, kiedy to w Sądzie Wojewódzkim w Kaliszu zostało zarejestrowane Stowarzyszenie JKS Jarota. Pierwszym prezesem klubu został Jan Raczkiewicz. Do zarządu oprócz niego wybrano także: Romana Gauzę, Henryka Kowalskiego (wiceprezesi), Krzysztofa Królaka (sekretarz) oraz Zdzisława Tomczaka (skarbnik). Zawodnicy grali bez wynagrodzeń i premii, a pieniądze były tylko za sędziowanie. Nie przeszkadzało to jednak piłkarzom oraz działaczom, którzy chcieli na nowo rozkręcić drużynę piłkarską w Jarocinie.

Na początku w klubie działały cztery drużyny piłkarskie: dwie drużyny trampkarzy, juniorzy i seniorzy. Trenerem seniorów został piłkarz i szkoleniowiec Victorii Jarocin, Marian Furmaniak. Jarota została zgłoszona do rozgrywek w Okręgowym Związku Piłki Nożnej w Poznaniu. W sezonie 1998/1999 seniorzy Jaroty zadebiutowali w poznańskiej B - klasie. Pierwszy oficjalny mecz ligowy Jarota Jarocin rozegrała na wyjeździe z rezerwami Polonii Środa Wlkp. wygrywając to spotkanie 3:1 (po bramkach Piotra Kobylskiego i dwóch Artura Tomczaka). Jarota rozpoczęła ten mecz w następującym składzie: P. Zdziebkowski - G. Antczak, M. Antczak, B. Woźniczka, W. Tomaszewski, R. Adamski, G. Walczak, P. Kobylski, A. Tomczak, R. Pawlak, M. Banaszak. Pierwsze spotkanie przed własną publicznością Jarota rozegrała tydzień później podejmując Kiszkowo Rybno. Jarota wygrała to spotkanie 4:0. Debiut na stadionie MOSiR-u obejrzało około 2000 widzów. Jarota przez pierwszą rundę jesienną spisywała się dobrze jak na bardzo młodą drużynę. W przerwie zimowej doszło do pierwszej zmiany trenera. Dotychczasowego trenera Mariana Furmaniaka, zastąpił na tym stanowisku Zdzisław Witczak, który miał pełnić funkcję trenera koordynatora. Powodem rezygnacji Furmaniaka było m.in. brak porozumienia z trenerem Witczakiem. Trener Witczak pełnił swoją funkcję społecznie. W drużynie nie nastąpiły natomiast żadne zmiany. W rundzie wiosennej Jarociniacy odrobili stratę do lidera i zajęli pierwsze miejsce w B klasie i wraz z rezerwami Poloni Środa awansowali do A klasy.

Jako beniaminek Jarociniacy bez kompleksów przystępowali do pierwszego meczu w wyższej klasie rozgrywek gładko pokonując Błękitnych Psary Polskie. W III kolejce w meczu z Lipnem Stęszew w Jarocie zadebiutował Mirosław Czajka (pozyskany z IV ligowego LKS-u Gołuchów), późniejszy najlepszy strzelec w historii jarocińskiego klubu. Przerwa zimowa to kolejna zmiana trenera w Jarocie. 2 marca 2000 roku nowym trenerem Jaroty został Maciej Dolata, po tym jak poprzedni trener Zdzisław Witczak został zwolniony z pełniącego stanowiska. Powodem był konflikt trenera z piłkarzami, który narastał przez kilka miesięcy, a epilog swój znalazł podczas okresu przygotowawczego do rundy wiosennej, kiedy zawodnicy odmówili treningów. Trener Dolata zadebiutował na tym stanowisku w meczu z Błękitnymi Psary Polskie (0:0). W rundzie wiosennej Jarota nie przegrała żadnego spotkania, a tytuł mistrza zapewniła sobie w przedostatniej kolejce pokonując u siebie najgroźniejszego rywala Las Puszczykowo 3:0.

Po zwycięstwie w poznańskiej A-klasie zarząd zdecydował się przenieść drużynę seniorów do okręgu kaliskiego. Ponieważ w wyniku reorganizacji w okręgu poznańskim Jarota pozostałaby z awansem i tytułem beniaminka, ale w tej samej klasie rozgrywkowej. Jarocińska drużyna sezon 2000/2001 rozpoczęła więc w Kaliskiej Lidze Okręgowej. Na stanowisku trenera pozostał dotychczasowy trener Maciej Dolata, z którym przedłużono umowę. Jarota sezon rozpoczęła od remisu z jednym z faworytów do awansu do IV ligi Czerwonym Kurem Gola (1:1). Po rundzie jesiennej Jarota z bezpieczną przewagą punktową nad drugim zespołem w tabeli zajmowała pierwsze miejsce. W przerwie zimowej doszło do zmian w zarządzie Jaroty. Dotychczasowego prezesa Jana Raczkiewicza, który został wybrany do Komisji Gier i Ewidencji Kaliskiego OZPN, zastąpił Ryszard Grzebyszak. Jarota na dwie kolejki przed zakończeniem sezonu zapewniła sobie mistrzostwo i awans do IV ligi.

Sezon 2001/2002 po raz kolejny Jarota rozpoczynała jako beniaminek. W pierwszej kolejce JKS zagrał z Turem Turek remisując 1:1. Jarota w rundzie jesiennej była rewelacją rozgrywek, przez jedną kolejkę przewodząc nawet w tabeli IV ligi. W przerwie zimowej Macieja Dolatę na stanowisku trenera zastąpił Włodzimierz Bajer, a do Jaroty dołączyli m.in. Hubert Bachorz i Łukasz Siwecki. W rundzie wiosennej niestety nie udało się odrobić straty do lidera i Jarota zakończyła ostatecznie pierwszy sezon w IV lidze na czwartym miejscu. Jednak rok 2002 był rokiem pełnym sukcesów dla Jaroty. Niepowodzenie w lidze Jarociniacy odbili sobie w Pucharze Polski. Po pokonaniu m.in. Orła Mroczeń i Prosny Kalisz, Jarota dotarła do finału Pucharu Polski okręgu kaliskiego, w którym zagrała z Ostrovią Ostrów. Jarota pokonała gładko rywali 3:0. Dzięki temu zwycięstwu awansowała do półfinału Pucharu Polski na szczeblu wojewódzkim, gdzie spotkała się z Wisłą Borek Wlkp. Wisła nie okazała się wymagającym przeciwnikiem - Jarota wygrała to spotkanie 2:0 i awansowała do finału Pucharu Polski na szczeblu wojewódzkim, w którym zmierzyła się z rezerwami klubu Amica Wronki. Mecz rozgrywany w Jarocinie przyciągnął na stadion ponad 3000 widzów. Jarota pokonała Amicę 2:1 po bramkach Garbarka i Siweckiego i zdobyła Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim, odnotowując tym samym największy sukces w historii klubu. Jarota zagrała w składzie: Bachorz, Garbarek, Idzikowski, Figan, Baran, Kosiński, Pacyński, Matuszak (89. Stachowiak), Siwecki (74. Cincio), Czajka, Sobczak (84. Pilarczyk). W następnej rundzie (szczebel centralny) JKS trafił na II-ligowego Górnika Polkowice, któremu niestety uległ 1:4.

W kolejnym sezonie w IV lidze Jarota do ostatniej kolejki walczyła z Astrą Krotoszyn o mistrza rozgrywek, ale to Astra zajęła pierwsze miejsce i to ona zagrała w barażach o III ligę. W przerwie zimowej zmienił się prezes Jaroty - Ryszarda Grzebyszaka zastąpił Janusz Wojtczak. W sezonie 2003/2004 Jarotę objął były piłkarz Lecha Poznań Hieronim Barczak, który wcześniej opiekował się rezerwami Jaroty. Pod okiem trenera Barczaka Jarota wygrała IV ligę i stanęła przed historyczną szansą awansu do III ligi, ale w barażach została pokonana (dwukrotnie 0:2) przez rezerwy Lecha, wzmocnione piłkarzami z pierwszej drużyny. Niepowodzenie to spowodowało, że rozwiązano umowę z trenerem Barczakiem, a na jego miejsce powołano Zbigniewa Sadowskiego. W drużynie zapanował kryzys. Piłkarze odmówili trenowania do czasu uregulowania zaległych zobowiązań. Paradoksalnie w momencie kryzysu w klubie pojawiła się druga szansa awansu do III ligi. Po wycofaniu się z rozgrywek Gwardii Koszalin pozostało wolne miejsce i zdecydowano o rozegraniu kolejnych baraży. Jarota najpierw w półfinale pokonała Zawiszę Bydgoszcz, a następnie zagrała w finale z rezerwami Pogoni Szczecin. Pogoń wystąpiła z sześcioma piłkarzami z pierwszego zespołu, ale pokonała JKS zaledwie 1:0. Po rundzie jesiennej Jarota zajmowała drugą pozycję. W przerwie zimowej klub opuścił Zbigniew Sadowski, a drużynę objął ponownie Zdzisław Witczak. Nastąpiły także zmiany w zarządzie. Nowym prezesem klubu został Leszek Trzcieliński. W rundzie jesiennej nie udało się odrobić straty punktowej do Kanii Gostyń i ostatecznie Jarota skończyła sezon 2004/2005 na 2 miejscu. W 2005r. piłkarze JKS po raz drugi wywalczyli puchar na szczeblu okręgowym, pokonując w finale rzutami karnymi Astrę Krotoszyn.

Mimo tego sukcesu Zdzisław Witczak przestał być trenerem drużyny seniorów, a zastąpił go były szkoleniowiec Lecha Poznań - Zbigniew Franiak. W trakcie rundy jesiennej Jarota przeżywała największy kryzys w swojej historii. Po tym, jak cały zarząd podał się do dymisji pozostawiając klub z długami, Jarota przez długi czas pozostawała bez prezesa. Mówiło się nawet o tym, że klub przestanie istnieć. Dopiero trzecie walne wybrało prezesa, którym został Henryk Kowalski. Wybrany zarząd pełnił funkcje tymczasowo do stycznia 2006r., kiedy to wybrano nowe władze klubu. Pod koniec stycznia na fotel prezesa wrócił założyciel Jaroty Jan Raczkiewicz. Oprócz niego do zarządu weszli także: Henryk Kowalski, Marek Filipiak, Wiesław Majusiak i Mirosław Woźniak. Na wiosnę doszło do kolejnych przetasowań trenerskich. W połowie rundy w Jarocinie pojawił się ponownie Hieronim Barczak, ale na skutek problemów zdrowotnych, szybko rozstał się z drużyną. Jego miejsce zajął asystent trenera Araszkiewicza w Warcie Poznań - Czesław Owczarek. W między czasie Jarota szybko odrobiła stratę do lidera (Biały Orzeł Koźmin Wlkp.) i pewnie wygrała grupę południową IV ligi. W barażu JKS spotkał się z Nielbą Wągrowiec. W pierwszym spotkaniu wygrała Nielba 1:0, ale w rewanżu na boisku w Jarocinie, Jarota rozgromiła drużynę z Wągrowca 4:0. Dzień 18 czerwca 2006 otworzył nowy rozdział w historii klubu.

W sezonie 2006/2007 Jarota występowała w III lidze gr. drugiej. Trenerem pozostał Czesław Owczarek. Po bardzo dobrym sezonie Jarociniacy jako beniaminek zakończyli sezon na trzecim miejscu, tracąc do drugiej w tabeli Warty Poznań (miejsce dające baraże o II ligę) jeden punkt. Poza dobrymi występami w lidze, Jarociniacy nie mieli sobie równych w rozgrywkach pucharowych. Najpierw w finale Okręgowego Pucharu Polski na szczeblu kaliskim pokonali Doktór Czarnylas 3:0. Natomiast na szczeblu wojewódzkim wygrała z Nielbą Wągrowiec 3:0. Już na szczeblu centralnym Jarota zagrała z KP Police w rundzie eliminacyjnej (zwycięstwo 3:0). Swoją przygodę zakończyła na I rundzie po porażce z Lechią Gdańsk 1:4. W międzyczasie nastąpiła zmiana na fotelu prezesa klubu, którym ponownie został wybrany Ryszard Grzebyszak. W sezonie 2007/2008 Jarota ponownie należała do jednej z czołowych drużyn. I bez problemów uzyskała awans do nowej, zreformowanej II ligi. Tym samym Jarota zamknęła kolejny i jednocześnie otworzyła nowy etap swojej historii.